پایین‌بودن سرعت سیر و سرعت بازرگانی مهم‌ترین شاخص‌های پایین‌بودن بهره‌وری در صنعت حمل و نقل ریلی است. شاخص‌های سرعت بازرگانی و بهره‌وری واگن‌های باری که چابکی سیستم حمل‌ونقل را نشان می‌دهند، در سال‌های اخیر کاهش یافته و به 3 کیلومتر بر ساعت رسیده است. علاوه بر این، متوسط بهره‌وری ماهیانه واگن‌های باری از سال 1399 تا 1402 نزدیک به پنجاه‌درصد کاهش یافته است.
به‌رغم سابقه نزدیک به صدسال از فعالیت راه‌آهن، هنوز برخی از بنادر مهم کشور به شبکه ریلی متصل نشده است. علاوه بر این با عدم توسعه خطوط فرعی بین پایانه‌ها و شبکه اصلی ریلی در پس‌کرانه اتصال مستقیمی برقرار نشده است. اتصال بین ریل و جاده نیز که باید از طریق توسعه مراکز لجستیکی و احداث پایانه‌های بار و مسافر برقرار می‌شود، با نواقص زیادی مواجه است.
جاده‌های اصلی کشور عمدتاً به ایستگاه‌های ریلی دسترسی دارند. مشکل اصلی در مورد لجستیک و امکانات فنی برای تخلیه و بارگیری در ایستگاه‌های راه‌آهن است. برای اتصال روان بین جاده و ریل به پایانه‌های حمل‌ونقل ریلی و جاده‌ای نیاز است که علاوه بر تجهیزات ویژه بارگیری و تخلیه، امکانات لجستیکی مانند ذخیره‌سازی و جابه‌جایی کالا نیز وجود داشته باشد. بر اساس سند لجستیک کشور درمجموع ایجاد 58 مرکز لجستیک در سراسر کشور پیش‌بینی شده است. نقشه لجستیکی کشور نشان می‌دهد به‌جز تعدادی پارک و دهکده لجستیک (حدود 18 مورد)، تا تکمیل مراکز بر اساس اهداف مقرر فاصله زیادی وجود دارد.
ایران از منظر شاخص عملکرد لجستیک در بهترین حالت به رتبه 64 در سال 2018 در مقیاس جهانی دست یافت، اما رتبه کشور در این شاخص طی سال‌هایی که شاخص محاسبه و رتبه کشورها اندازه‌گیری شده، با روند صعودی به بدترین مقدار خود یعنی 123 در سال 2023 رسیده است.
در حوزه قیمت‌گذاری خدمات ریلی چه در بخش باری و چه در بخش مسافری موانع و مشکلات متفاوتی وجود دارد. در بخش مسافری به‌رغم عدم دریافت حق دسترسی به شبکه، قیمت‌گذاری دستوری وجود دارد که مانع از فعالیت اقتصادی بنگاه‌های خصوصی می‌شود. در بخش باری نیز به دلیل بالا بودن حق دسترسی عملاً سهم باقیمانده برای بخش خصوصی تکاپوی هزینه‌های جاری آن را نمی‌دهد.
اجرا نشدن قانون در بخش ریلی یکی دیگر از چالش‌های پیش روی این صنعت است. از مهم‌ترین این قوانین می‌توان به «قانون توسعه حمل‌ونقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت» اشاره کرد. در این قانون به افزایش سهم حمل‌ونقل ریلی از بار زمینی به 30 درصد و سهم حمل‌ونقل ریلی مسافری به 18 درصد تکلیف شده و تسهیلاتی نیز برای بخش در نظر گرفته شده است؛ اما عملکرد ریلی نشان می‌دهد که شاخص‌ها هرسال از هدف قانونی دورتر شده است. آیین‌نامه اجرایی سهم بهینه بخش‌های دولتی و غیردولتی در فعالیت‌های راه و راه‌آهن نیز یکی دیگر از قوانینی است که به دنبال اجرای قانون اجرای سیاست‌های کلی اصل 44 قانون اساسی توسط هیئت‌وزیران تصویب شد. در این قانون نیز شرکت ملی راه‌آهن مکلف به واگذاری بسیاری از وظایف خود شده است، اما در عمل وظایف و اهداف مقرر در آن محقق نشده است.
باوجود سوددهی شرکت ملی راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران به میزان 326 میلیارد تومان در سال 1399، در سال بعد شرکت زیان‌ده شده و زیان آن با سقوط آزاد به 1869 میلیارد تومان رسید. در سال‌های بعد نیز این زیان‌دهی تداوم داشته است؛ به‌طوری‌که زیان شرکت در سال 1401 به ۲, ۷۸۶ میلیارد تومان و در سال 1402 به ۲, ۱۹۱ میلیارد تومان رسیده است؛ بنابراین از منظر مالی، عملکرد سه‌ساله اخیر (1403-1400) شرکت ملی راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران فاجعه‌بار بوده است.
اجرای مواد (56) و (57) قانون برنامه هفتم توسعه که برای توسعه ظرفیت شبکه ریلی تکالیفی بر عهده دولت گذاشته، قانون توسعه حمل‌ونقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت که مقرر کرده سهم حمل‌ونقل ریلی از بار زمینی به 30 درصد و سهم حمل‌ونقل ریلی مسافری به 18 درصد افزایش یابد، ماده (70) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) که با هدف تثبیت تعرفه حق دسترسی شبکه ریلی و کمک به احداث، توسعه ظرفیت و بهسازی خطوط، ناوگان و شبکه حمل‌ونقل ریلی برون‌شهری و نگهداری راه‌های کشور با هدف صرفه‌جویی در مصرف سوخت، کاهش آلایندگی محیط‌زیست و کاهش تلفات ناشی از تصادفات جاده‌ای، تنظیم شده و آیین‌نامه اجرایی سهم بهینه بخش‌های دولتی و غیردولتی در فعالیت‌های راه و راه‌آهن مورد تأکید است.
اصلاح ساختار در بخش ریلی در سه محور 1- تقویت جایگاه معاونت حمل‌ونقل به‌عنوان سیاست‌گذار حمل‌ونقل کشور 2- ایجاد نهاد تنظیم‌گر 3- تجدید ساختار و وظایف شرکت ملی راه‌آهن ایران پیشنهاد می‌شود. این پیشنهادها در ظرف زمانی 3 تا 5 سال قابل اجرا است.
